از یهودیان ساکن هرات کنیسه‌های یوحا، گلکیا، شماویل و گرجیا به یادگار مانده است. از این میان، سقف گرجیا فروریخته و تنها چند دیوار مخروب از آن باقی مانده است. پس از آنکه یهودیان هرات را ترک کردند، کنیسه گلکیا به مسجد و شماویل به مدرسه بدل شد.  

چهار کنیسه، حمام و خانه‌های یهودیان در منطقه «درب عراق» در بازار شهر قدیم هرات قرار دارد. مسئولان فرهنگی هرات مدعی‌اند که یهودیان ساکن هرات پس از خروج از افغانستان کنیسه‌هایشان را به حکومت افغانستان واگذار کردند، و خانه‌ها، مغازه‌ها و باغ‌هایشان را فروختند.  

یوحا، بزرگ‌ترین کنسیه یهودیان، مشتکل از حیاط وسیع، اتاق عبادت و غسل‌خانه است و به همان شکل اولیه‌اش حفظ شده است. کتیبه‌ای سنگی به زبان عبری در ورودی عبادتگاه در طبقه دوم کنیسه یوحا به چشم می‌خورد که سند ملکیت حکومت افغانستان به شمار می‌آید. 

کنیسه یوحا پس از زلزله‌های سال قبل هرات، آسیب دیده است و به همین خاطر روند بازسازی و مرمت آن آغاز شده است. مسئولان فرهنگی هرات گفتند که این کنیسه پس از بازسازی به مکانی فرهنگی و گردشگری بدل خواهد شد. نقش و نگارهای کنیسه یوحا چشم‌نواز است اما بخشی از آن تخریب شده است و اینک داربست‌‌های فلزی برای ترمیم دیوارها و سقف آن نصب شده است. 

ساکنان هرات، که با یهودیان در یک محل زندگی می‌کرده‌اند، به ایندیپندنت فارسی گفتند که روز شنبه یهودیان از کسب‌وکارشان دست می‌کشیدند و به عبادت و تفریح و استراحت می‌پرداختند.  

محمد صدیق میر، مسئول مرمت و بازسازی بناهای تاریخی هرات، گفت که یهودیان برای عبادت در کنیسه یوحا به زیرزمین می‌رفتند و در آنجا با آب هم‌سطح زمین غسل می‌کردند. او افزود که غسل‌خانه مردان و زنان جدا بوده است و زنان یهودی مانند زنان مسلمان حجاب داشتند. 

مسلمانان و یهودیان بیش از دو قرن بدون منازعه‌ای با یکدیگردر هرات زندگی می‌کردند. محمد علی ۶۰ ساله، که در مجاورت کنیسه یوحا زندگی می‌کند، می‌گوید که هر بار از کنار این کنیسه عبور می‌کند هم‌زیستی مسلمانان و یهودیان در خاطرش تازه می‌‌شود. پدر محمد علی خانه یکی از یهودیان را خریده است و تا اینک هم از آن استفاده می‌کنند. او به ایندیپندنت فارسی گفت که خاطرات خوبی از حضور یهودیان دارد و آنان مردمان مهربان و بی‌آزاری بوده‌اند. 

او افزود: «من با فرزندان یهودیان بازی می‌کردم و خیلی مردم خوبی بودند. آنها برای عبادت به کنیسه و ما مسلمانان به مسجد می‌رفتیم، هیچ اختلافی بین ما نبود و مثل برادر زندگی می‌کردیم.» 

از یهودیان حمام و قبرستانی نیز در هرات به یادگار مانده است، اما حمام در حال فروپاشی است. محمد صدیق میر گفت که این حمام ملک شخصی است و به همین خاطر برای بازسازی آن اقدامی نشده است. فرهنگیان به حکومت پیشین افغانستان پیشنهاد کرده بودند که حمام را خریداری و سپس آن را مرمت و بازسازی کند، اما این کار انجام نشد.  

برخی از آگاهان حوزه فرهنگ و تاریخ ادعا می‌کنند که یهودیان ساکن هرات به‌دلیل فشار برای تغییر دین یا پرداخت جزیه‌‌ (مالیات شرعی که در اسلام بر پیروان ادیان دیگر اعمال می‌شود) از ایران به هرات مهاجرت کرده‌اند. در هرات بیش از ۳۰۰ خانواده یهودی زندگی می‌کردند و آخرین خانواده در سال ۱۳۵۷ خورشیدی افغانستان را ترک کرد. شعله‌ور شدن جنگ در افغانستان و زندگی «بهتر» در اسرائیل دو دلیل عمده مهاجرت یهودیان دانسته می‌شود. 

پیش از روی کار آمدن طالبان، چندین یهودی برای بازدید از قبرستان نیاکانشان به هرات آمدند. متولی این قبرستان به ایندیپندنت فارسی گفت که این یهودیان برای اعمار (آبادانی و بازسازی)‌ دیوار قبرستان پول داده‌اند تا از غصب ملکشان جلوگیری شود.  

تا پیش از روی کار آمدن رژیم طالبان، زبولون سیمینتوف، آخرین یهودی ساکن در افغانستان بود و مسئولیت تنها کنیسه یهودیان در کابل را برعهده داشت. او از ترس حمله‌های انتقام‌جویانه طالبان کابل را ترک کرد و این کنیسه به حال خود رها شد.  

زبولون سیمنتوف متولد شهر هرات بود و پس از نقل‌مکان به کابل، یکی از اتاق‌های طبقه بالای خانه‌اش را در کوچه گل‌فروشی این شهر به کنیسه بدل کرد و شماری از یهودیان ساکن افغانستان برای عبادت به آنجا می‌رفتند.   

پس از پایان سلطنت محمد ظاهر شاه فقید، حدود نیم قرن است که در افغانستان جنگ شعله‌ور است و باعث شده است که یهودیان برای سفر به هرات و بازدید از کنیسه‌ها، قبرستان و خانه‌های‌شان خطر نکنند. با روی کار آمدن رژیم طالبان فشار بیشتری بر اقلیت‌های مذهبی و قومی وارد شده است و با این وصف ممکن نیست که یهودیان به زادگاهشان هرات سفر کنند.